El suelo es un recurso invaluable que tardó miles de años en formarse y su pérdida debe evitarse a toda costa; la deforestación y el mal uso agrícola lo destruyen y lo alteran. El suelo está compuesto por una parte física, una química y otra microbiológica. Es en esta última donde se hallan los hongos (reino Fungi), de suma importancia en la composición del suelo pues participan en su vida y en los procesos de descomposición y estructuración. El geólogo ruso Dokuchaev define el suelo como un cuerpo independiente, en evolución natural; influyen en él cinco factores: clima, vegetación, relieve, material madre y tiempo. Existe una estrecha relación entre el suelo y el medio ambiente (Arias, 2012).
En su estado natural, los hongos están en balance en el suelo, tanto los nocivos para humanos, animales y agricultura, como los benéficos usados como alimento y a los que les debemos, entre otros, el pan, los quesos, los licores y los antibióticos. Un gran aporte de los hongos al suelo es el reciclaje de los nutrimentos, ya que degradan la materia orgánica, insumo vital de la parte química del suelo y, también, forman su tramado. Los filamentos de los hongos dan sostén y amarre, al formar agregados estables (terrones), factores de estructura y permeabilidad del suelo. En general, los hongos intervienen en su parte física, producen compuestos orgánicos y fomentan la flora microbiológica (Rivera, 2010).La roya del cafeto es causada por el hongo Hemileia vastatrix; normalmente se encuentra en el suelo y en ciertos hospederos. Como en la naturaleza siempre hay contrapartes, aparece el hongo Lecanicillium lecanii como depredador natural de la roya; hay estudios que prueban que la controla hasta en un 40%. Ambos hongos pueden convivir en el cafetal.
Las aplicaciones de agrovenenos causan grandes alteraciones ecológicas; de ahí la importancia de conocer los resultados de estudios toxicológicos sobre agroquímicos. Debe considerarse que todos son perjudiciales para la salud y el ambiente debido al desequilibrio que ocasionan, pues, en la naturaleza, existen interacciones que deben respetarse.
En el caso de los cafetales, es básico mantener el balance microbiológico del suelo para evitar que la roya se vuelva incontrolable; actualmente, viejas plantaciones, condiciones climáticas y exceso de agroquímicos han agravado su ataque.
Los cafetales simplificados, basados en un monocultivo, han reducido la diversidad biológica de los suelos a un punto crítico, debido al uso excesivo de productos sintéticos y a la eliminación de árboles de sombra, con el objetivo de elevar la productividad. No se considera, así, el ambiente natural del café ni las consecuencias negativas, a mediano y largo plazos, sobre la sostenibilidad de estas plantaciones (Romero, 2010).
El glifosato es uno de los herbicidas más utilizados y cuestionados en el mundo; es parte del paquete tecnológico de la mayor parte de cultivos genéticamente alterados (transgénicos) y se usa, ampliamente, en los cafetales. Algunos estudios demuestran que el glifosato puede causar Parkinson, Alzheimer, esclerosis múltiple, cáncer, infertilidad y colitis ulcerativa (FCT, 2013).
El combate de la roya y otras enfermedades del café debe ser integral. Para ello, debe contemplarse con cuidado el suelo y restaurar su balance, incluyendo abonos orgánicos ricos en microorganismos, y la renovación de los cafetales con variedades más tolerantes a la roya.
Se sabe que hay relación entre la intensidad de los ataques de roya, broca y nematodos y las alteraciones severas vinculadas con el paisaje, al modificarlo, por ejemplo, eliminando árboles que son barreras naturales e irrespetando los corredores biológicos (Romero, 2010).
Proteger el suelo es prioritario para evitar enfermedades en los cultivos, ya que este será un recurso renovable solo en la medida en que se lo cuide y proteja como el organismo vivo que es.